要开启口袋妖怪特别篇赤的三周目内容，首先需要完成一周目和二周目的全部主线剧情。一周目主要是通关前的常规任务，包括捕捉宝可梦、挑战道馆馆主和联盟冠军等基础内容。二周目则会解锁橘子群岛等新区域，玩家需要在这些地方完成特定的剧情任务。只有将前两个周目的关键剧情推进完毕，系统才会自动解锁三周目的内容。
三周目的开启与几个关键地点和任务密切相关。在完成二周目后，玩家需要前往杰可罗拉群岛收服超梦和盖诺赛克特等传说宝可梦。此外还要在特定岛屿触发支线剧情，比如在幻影岛选择干涉关于粉红的支线任务。这些任务看似独立，但都是开启三周目的必要条件。三周目的敌人等级会显著提高，建议提前准备好高等级队伍。
三周目包含了多个重要支线任务，这些内容往往与收服特定宝可梦相关。其中包括在噩梦食客任务中收服暗雾，完成郭美的审判任务收服白色耿鬼，以及处理时间管理者和未言的真相等剧情线。这些支线不仅丰富了游戏内容，也是完整体验三周目的关键环节。部分任务需要按照特定顺序触发，建议仔细探索每个场景的对话选项。
游戏后期需要注意队伍搭配和道具准备。三周目的对手普遍使用高等级宝可梦，有些甚至达到255级。建议携带多种属性的强力宝可梦应对不同战斗场景，同时备足恢复类道具。虽然三周目没有新增地图区域，但在原有地图上会解锁新的互动内容和隐藏剧情，这些都需要玩家耐心探索才能发现。
口袋妖怪特别篇赤的三周目内容设计体现了游戏深度，将主线与支线剧情巧妙结合。通过完成特定任务链，玩家可以体验到更丰富的故事和更具挑战性的战斗。整个过程需要保持细心和耐心，逐步解锁各个隐藏要素，最终完整领略这款改版游戏的全部魅力。
