系统赠送的舰船通常会自动停泊在玩家的基地港口内。基地是玩家在星系中的主要据点，所有初始舰船和后续通过任务、活动或系统赠送的舰船都会默认返回此处。基地港口分为通用港口、资源港口和军事港口，不同类型的舰船会根据其功能自动分配到对应的停泊区域。工程船和运输船通常停靠在资源港口，而战斗舰船则会优先停泊在军事港口。如果港口容量不足，新获得的舰船可能会暂时无法停靠，需要玩家手动调整或扩建港口设施。
若玩家在野外执行任务或采集资源时获得赠送的舰船，这些舰船不会立即返回基地，而是会停留在当前星系的联络站或前哨站。联络站是星系内的中立设施，玩家可以在此临时停靠舰船并进行补给。前哨站则是玩家自行建造的扩展据点，能够提供额外的停泊空间。需联络站和前哨站的停泊容量有限，若超过上限，舰船可能会被迫返回基地或进入待命状态。建议玩家定期检查舰船分布，避免因停泊问题影响后续行动。
当玩家参与特殊活动或完成特定任务时，部分赠送的舰船可能会直接编入当前活跃的舰队中。这种情况下，舰船不会自动停泊，而是跟随舰队行动，直到玩家手动解散或重新分配。如果舰队处于移动状态，新加入的舰船会同步舰队的航行路线，并在舰队抵达目标地点后一同停驻。如果舰队正在交战，新舰船会立即投入战斗，但需注意其初始状态可能未经过强化，战斗力有限。
对于通过蓝图研究或技术档案解锁的舰船，系统通常会将其直接存入基地的生产队列中，而非直接停泊。玩家需要在生产线中完成建造后，这些舰船才会正式加入舰队并停靠在指定港口。如果生产线繁忙或资源不足，建造过程可能会延迟，舰船会以蓝图形式暂存于技术储备库中。建议玩家提前规划资源分配，确保新舰船能够及时投入使用。
这类港口通常由同盟统一管理，玩家需要获得相应权限才能调动舰船。战略港口的容量较大，但可能受到同盟等级和科技水平的限制。如果同盟港口已满，舰船会默认返回玩家个人基地。加入活跃的同盟并参与集体建设，能够有效提升舰船停泊的灵活性。
