阵容搭配是提升战力的核心。游戏内角色众多，通常可以根据其技能特点分为不同的功能定位，例如擅长冲锋在前、攻防均衡的先锋类角色，偏重制造伤害但防御较弱的强袭类角色，以及能为队友提供治疗、增益或控制效果的后勤辅助类角色。一个合理的阵容需要考虑角色之间的互补，例如采用先锋承担伤害、后排远程输出、后勤提供回复的经典结构，这样可以显著提高队伍的容错率和整体作战能力。
基于角色定位与羁绊关系，玩家可以组合出多种强力阵容。一些受到推崇的阵容组合包括以第七班为核心的搭配，如由纲手、鸣人、佐助、小樱和雏田组成的队伍，这套阵容角色获取相对亲民且功能全面。也有集结了顶尖忍者的豪华阵容，例如由六道斑、六道佩恩、宇智波鼬、宇智波斑和红莲组成的队伍，或是融合了我爱罗、卡卡西、波风水门等强大个体的组合，这些阵容往往在输出、控制或生存方面有突出表现。玩家在游戏前期可以使用系统赠送或容易获得的忍者进行过渡，游戏进程再逐步替换为更稀有的强力角色。
围绕特定的核心忍者进行阵容构建也是一种深度策略。以君麻吕为例，在版本调整后，他可以融入不同类型的阵容体系中。例如在功能互补型阵容中，他可以与凯、水主和少年樱搭配，在前排吸收伤害的同时，由队友提供治疗和额外输出；而在控制续航型阵容中，他可以与土主、少年鹿丸和静音配合，利用鹿丸的控制弥补其技能前摇，依靠静音的治疗进行持久作战。另一种思路是围绕最新的限定忍者进行搭配，例如大蛇丸，他可以与能够提供减伤、结界或连续奥义压制的忍者如千手柱间、宇智波斑、水门等形成配合，其独特的火影联协被动还能召唤历代火影助阵，提供丰富的辅助效果。
详细的阵容搭配需要深入理解每个忍者的技能机制与联动效果。例如大蛇丸的奥义可以施加咒术效果，攻击者会因此获得属性成长，而其追打能为自己提供霸体，被动则能免疫多数不良状态并减少奥义查克拉消耗。在搭配时，可以考虑将其与千手扉间、天天等追打能力强的忍者组合，或者与药师兜这类擅长持久战的忍者搭配。饰品的搭配也至关重要，例如像大蛇丸这类忍者，适合选择海兽、灵狐或玄龟套装来进一步增强其生存或辅助能力。
阵容的强弱不仅取决于构成，还与战斗技巧和释放时机密切相关。替身术不要在对方霸体未结束、自己无技能可用或对方仅进行少量普攻骗替时使用；通灵兽和秘卷的释放时机也各有讲究，通灵兽可在对方无替身时用于起手，或在自己满奥义点时逼出对方替身，而秘卷如雷击常用于起手，霸体则多在对方替身后使用以应对反击。掌握普攻的节奏感，利用普攻抓人和等待技能冷却，以及熟悉具有扫地效果的普攻以实现无限连，都是成为高手的必修课。一个查克拉充足、打断技能多、能限制对方普攻或奥义的阵容，往往能在实战中占据优势。
